O processo de licenciamento ambiental do EISA teve início no Ibama em 16 de junho de 2011, após decisão judicial que invalidou o licenciamento estadual e o definiu como competência do Ibama.
Em 29 de junho de 2011 a primeira versão do EIA/RIMA foi protocolada no Ibama, para a qual foram determinadas adequações. Em 08 de fevereiro de 2012, mais de sete meses depois, as adequações foram apresentadas pelo empreendedor, quando então o Ibama avaliou que o estudo estava pronto para ser disponibilizado para o público e poderia ser dado início à análise de viabilidade do empreendimento.
Após 45 dias de disponibilização do estudo para consulta da população, foi realizada em 19 de abril de 2012 a Audiência Pública para discussão do empreendimento no Município de Coruripe/AL. Participaram cerca de 600 pessoas e durante quase 4 horas, foram debatidos aspectos positivos e negativos do mesmo. O Ibama também recebeu posteriormente manifestações por escrito e todo este material foi considerado e inserido no processo de licenciamento.
Em 21 de junho de 2012, dois meses após a audiência, o Ibama concluiu a análise de toda a documentação que compõe o processo de licenciamento deste empreendimento. Ressalta-se a celeridade dada à análise, antecipando o atendimento aos prazos legais do licenciamento do empreendimento pelo Ibama.
Este Instituto concluiu pela inviabilidade ambiental da alternativa locacional eleita pelo empreendedor, denominada no estudo de "Alternativa 5A", localizada no centro do distrito de Pontal de Coruripe.
Na análise realizada, verificou-se deficiências no estudo de alternativas locacionais apresentado pelo empreendedor. A Resolução Conama 01/1986 exige que propostas de alternativas locacionais e tecnológicas sejam apresentadas para os empreendimentos submetidos ao licenciamento ambiental. As informações sobre as alternativas locacionais, o diagnóstico ambiental elaborado e a avaliação de impactos,além das observações em campo, sugerem a existência de alternativas locacionais que implicariam em menores impactos ambientais, porém o estudo não trouxe as análises ambientais apropriadas de tais áreas.
A análise do Ibama também apontou que a instalação do estaleiro na alternativa locacional escolhida, traria impactos relevantes ao meio ambiente, sendo que as medidas de mitigação e compensação trazidas no estudo não foram suficientes para controle destes impactos.
Entre os aspectos mais importantes verificados, destaca-se a supressão de vegetação de mangue em bom estado de conservação o que poderá resultar na desestruturação do equilíbrio existente entre os ecossistemas recifais, estuarinos e praias. A atividade traria também impactos para os recifes de Pontal do Coruripe, que, conforme apresentado nos próprios estudos ambientais apresentados pelo empreendedor, possuem grande importância biológica, por abrigarem espécies endêmicas, ameaçadas de extinção e sobre-explotação, além de abrigarem uma variedade de espécies com funções ecológicas-chave e outras com importância econômica.