ESGOTO E LIXO
No segundo quilômetro, a contaminação deixa de ser química para ser de origem humana. Surge a favela do Jardim Primavera, um dos maiores, mais densamente povoados e mais miseráveis núcleos de Guarujá, onde a população reside em palafitas construídas às margens do rio. O destino natural de todo o esgoto e lixo é o Rio Santo Amaro, sofrendo a fauna local todas as danosas conseqüências de um processo de redução do nível de oxigênio das águas.
 
 
 
Moradias na margem do rio Santo Amaro
 
A cerca de 100 metros dali, a Vila Santo Antônio ainda guarda as marcas de mais uma sobrecarga de detritos legados ao rio. Um trecho de mangue próximo àquele bairro foi utilizado durante cerca de um ano como depósito de lixo da Prefeitura, tendo uma área de 70 mil metros quadrados sido recuperada pelo sistema de aterro sanitário, ou seja, superposição alternada de detritos e areia. Em contrapartida, o velho rio perdeu seus amborés (peixes de toca), caranguejos, siris e maria-mulatas, sem falar nas gaivotas e socós, que deram lugar a urubus, que até hoje sobrevoam a região, um ano após a extinção do depósito. O lixão contribuiu, ainda mais, para estreitar o leito do rio e eliminar os pequenos córregos que formavam seu sistema de drenagem natural.
 
 
 
O velho rio perdeu suas gaivotas, garças e socós, que deram lugar a urubus.
 
Isso ocorreu na margem próxima à atual estação rodoviária, onde também foi adotado um aterro sanitário e onde o mangue perdeu parte de sua extensão. E o problema se estende para as imediações da Estrada Cubatão-Piaçagüera, onde foram aterradas áreas próximas ao curso de água, visando à implantação de pátios de contêineres. Violentam, também, o sistema natural de drenagem, os cerca de dois quilômetros de favelas implantadas às suas margens, desde aquela rodovia, até a região da Cachoeira.

NASCENTES
Somente a partir da Cachoeira, já distante da área urbana de Guarujá, é que o Rio Santo Amaro está sendo menos incomodado. Os pouco mais de três quilômetros que separam aquele trecho das nascentes da Serra de Santo Amaro ainda abrigam aves, crustáceos e peixes e a vegetação mantém a maior parte de suas características. Mas, até quando?

O Santo Amaro, em seus primeiros quatro quilômetros recebe forte influência do canal do Porto de Santos e, por isso, na maré cheia, a correnteza é em direção ao interior da Ilha de Santo Amaro, predominando a água salgada.
 

Parte do trajetório do rio Santo Amaro.
 
Entretanto, na maré vazante ou estável, o curso se inverte, ou por força do retorno da água do estuário, ou por predominância do líquido proveniente da Serra de Santo Amaro, onde há inúmeros mananciais, responsáveis pela alimentação de diversos cursos e leitos de água, entre eles o lago denominado Saco do Funil, na região da Cachoeira. Ali, então, passa a predominar a água doce e a fauna e flora são diversificadas.

A presença humana nesse trecho, contudo, é pequena. O rio apresenta inúmeras bifurcações, leito estreito e muita vegetação superior que, em alguns casos, cobre todo o leito, tornando problemática a navegação, que é feita, a muito custo, com pequenas canoas.

A alimentação das nascentes da serra constitui pouca garantia da sobrevivência do rio, já que seu maior volume de água provém, mesmo, do mar. E o mar não está encontrando tantas facilidades para escoar pelo velho leito, reduzido e assoreado por aterros e lixos.

Durante 1980, o Departamento de Águas e Energia Elétrica do Estado (DAEE), em um projeto visando a evitar enchentes na Vila Santo, cogitou de promover obras de retificação e dragagem do Santo Amaro, visando a torná-lo plenamente navegável, a partir da Via Santos Dumont. Isso possibilitaria a criação de uma hidrovia, a partir da estação rodoviária até o estuário.

O projeto, de alto custo, não foi executado, a Vila Santo Antônio até hoje é inundada e o Rio Santo Amaro continuou tendo suas margens e leito violentados.