O Porto de São Sebastião é administrado pela Companhia Docas de São Sebastião, empresa vinculada à Secretaria de Estado de Logística e Transportes de São Paulo. É uma delegação federal ao Governo do Estado de São Paulo, sendo, portanto, um porto público. Os principais produtos de importação são barrilha, sulfato de sódio, malte, cevada, trigo, produtos siderúrgicos, máquinas e equipamentos, bobinas de fio de aço e cargas gerais. As cargas que figuram entre os destaques para exportação são veículos, peças, máquinas e equipamentos, vitualhas, produtos siderúrgicos e cargas gerais.
